#!/bin/sh

##########################################################################
#   Script description:
#       Run standard kallisto test data
#       
#   History:
#   Date        Name        Modification
#   2016-03-21  J Bacon     Begin
##########################################################################

usage()
{
    printf "Usage: $0 test-directory\n"
    exit 1
}


##########################################################################
#   Function description:
#       Pause until user presses return
##########################################################################

pause()
{
    local junk
    
    printf "Press return to continue..."
    read junk
}


##########################################################################
#   Main
##########################################################################

if [ $# != 1 ]; then
    usage
fi

dir="$1"
if [ -e "$dir" ]; then
    printf "$dir already exists.  Remove it first or choose a different name.\n"
    exit 1
fi

cp -iR %%EXAMPLESDIR%% "$dir"
cd "$dir"
kallisto index --index=transcripts.idx transcripts.fasta.gz
pause

kallisto quant --index=transcripts.idx --genomebam --chromosomes=chrom.txt \
    --gtf=transcripts.gtf.gz --output-dir=output \
    --boostrap-samples=100 reads_1.fastq.gz reads_2.fastq.gz
pause

ls -l output
pause

# Test genomebam
samtools view output/pseudoalignments.bam | more

more output/abundance.tsv

cat << EOM

See https://pachterlab.github.io/kallisto/starting.html for instructions
on interpreting the output above.

EOM